A pesar de la crisis y desaceleración mundial, la recaudación del Impuesto al Valor Agregado (IVA) por medio de las aduanas en el país logró colocarse como una fuente importante de ingresos federales para financiar el gasto público. De acuerdo con datos del “Informe de Rendición de Cuentas 2006-2012”, que presenta una muestra representativa de la recaudación en los años en que se aplicó el presupuesto basado en resultados, se captaron más de 700,000 millones de pesos. Los indicadores de la proyección de la recaudación anual del IVA en aduanas superó la meta en la administración pasada, sin considerar el 2009, cuando se sintieron los efectos de la depresión económica mundial. La importancia del IVA en las adunas radica en que al afectarse negativamente este tipo de ingresos provenientes del comercio exterior, puede implicar ajustes a las finanzas públicas del gobierno federal.
Lo que se recauda muestra la eficacia en el cumplimiento de las obligaciones de comercio exterior y el comportamiento del intercambio comercial. Al final del ejercicio fiscal 2009, el ingreso en aduanas por concepto de IVA fue de 184,710 millones de pesos, logrando un cumplimiento de 87.1% respecto de la meta prevista en 212,126 millones de pesos. Lo anterior es debido a la disminución del volumen de pedimentos por la crisis económica mundial que impactó negativamente en la actividad productiva y el intercambio comercial, lo que provocó una disminución en la demanda de bienes y servicios, y una contracción de la economía nacional. Al final del ejercicio fiscal 2010, la recaudación en aduanas por concepto de IVA fue de 231,045.7 millones de pesos, logrando una proporción de cumplimiento de 120.3% respecto de la meta prevista en 192,024 millones de pesos.