Para lograr las mejores condiciones – ambientales y económicas– en el trazo del tren de pasajeros que conectaría a la Ciudad de México con el estado de Querétaro. El proyecto, que abarcará una longitud de 246.7 kilómetros, corre prácticamente en la misma ruta que desde hace casi dos décadas KCSM opera para servicios de carga.
Hasta ahora, la única condición que ha puesto KCSM para colaborar en la construcción del tren de pasajeros que correrá entre México y Querétaro, será que no afecte la eficiencia del ferrocarril de carga. Sin embargo, las primeras estimaciones técnicas indican que la factibilidad del proyecto depende en gran parte del aprovechamiento, en una doble vía, para el transporte de pasajeros de al menos 108.8 kilómetros de los 256.7 que KCSM opera entre la Ciudad de México y la ciudad de Santiago de Querétaro pero sólo para transporte de carga. Así que la negociación no será nada sencilla porque cuando KCSM y Union Pacific participaron en la licitación de las concesiones de las rutas para el transporte de carga, presentaron propuestas bajo la premisa de que el gobierno de Ernesto Zedillo Ponce de León había eliminado para México la posibilidad del transporte masivo de pasajeros vía ferrocarril. Ambas empresas consideraron, en su momento, que como proyectos comerciales, la operación de trenes de pasajeros en México no representaban un buen negocio porque necesitarían año con año subsidios e inversiones a fondo perdido. En muchos países del mundo, los trenes de pasajeros se consideran inversiones de desarrollo social y no grandes negocios. Hace dos décadas México decidió privilegiar el transporte automotor y la construcción de carreteras favoreciendo a la industria automotriz de origen asiático y estadounidense.
Ahora, el escenario ha cambiado y KCSM tiene la última palabra en el proyecto de pasajeros entre el Distrito Federal y Querétaro. En la SCT, no obstante, se encuentran optimistas con la disposición, hasta hoy, mostrada por KCSM para apoyar el proyecto. Una de las etapas clave para el tren de pasajeros México–Querétaro es el actual derecho de vía de la línea de ferrocarril Juárez- Morelos que también está concesionada a KCSM. Al utilizar en un esquema de doble vía estos puntos del trayecto, la SCT estima que las afectaciones ambientales asociadas al desarrollo se reducirían significativamente pues ya no sería necesario construir dos vías.